دانلود فیلم آموزش فارسی نرم افزار GROMACS

(9 customer reviews)

159,000 تومان

توضیحات

GROMACS یک پکیج همه کاره برای انجام دینامیک مولکولی (شبیه سازی معادلات نیوتنی حرکت برای سیستم هایی با صدها یا میلیون ذره ) می باشد.

در ابتدا این نرم افزار برای مولکولهای بیوشیمی مانند پروتیین و لیپید و اسید nucleic که دارای تعداد زیادی پیوندهای پیچیده می باشند، طراحی شد اما از آنجایی که GROMACS در محاسبات بسیار سریع می باشد، تعدادی از دانشگاه ها از آن در تحقیقات سیستم های غیر بیولوژیکی مانند پلیمر هم استفاده کردند.

GROMACS تمامی الگوریتم های مرسوم که شما از یک شبیه ساز دینامیک مولکولی مدرن توقع داشته باشید، را پشتیبانی می کند.

GROMACS دارای راندمان بسیار بالاتری در مقایسه با نرم افزارهای مشابه می باشد. شما در این نرم افزار به الگوریتم های بهینه سازی زیادی دسترسی دارید.

در نسخه های بالاتر از 4.6 ، تمامی پلت فرم های محاسباتی و زیر تابع ها به زبان C نوشته شده است. که باعث افزایش سرعت محاسبات در این نرم افزار شده است.

سرفصل :

معرفی کوتاه gromacs

اماده سازی توپولوژی

دانلود پروتیین

نمایش پروتئین

نمایش cartoon

نمایش اتم ها

حذف مولکولهای آب

دستور vi

دستور gmx

دستور pdb2gmx

معرفی گروماکس در ترمینال لینوکس

فایل های gro

انتخاب force field

تولید توپولوژی در گرومکس

توضیح محتوی فایل های توپولوژی

توضیح فایل posre.itp

توضیح فایل topol.itp

Position restraints

فیلد moleculetype

فیلد atoms

فیلد molecule

توضیح روش OPLS

دیاگرام OPLS

Bond strength

Torque angle

Angle binding

تعریف box

تنظیم فاصله در box

تنظیم نوع box

دستور editconf

اضافه کردن حلال

دستور solvate

گزینه cp

گزینه cs

تفاوت فایلهای توپولوژی جدید و قبلی

چگونگی صحت سنجی دستور solvate

اضافه کردن یون

دلیل اضافه کردن یون چیست ؟

تفسیر ستونهای charge و charge

دستور grompp

فایل .tpr

توضیح فایل .mdp

پارامترهای الگوریتم مینیمم سازی انرژی

Maximum number of steps

Steepest descent minimization

Short range electrostatic cut-off

Short range Van der Waals cut-off

شرایط مرزی متناوب (pbc)

تولید tpr

دستور genion

گزینه –pname

گزینه –nname

گزینه –nn

خنثی سازی

انتخاب گروه حلال

بررسی صحت اجرای genion

توصیف steric clash

دلیل استفاده از EM

Configuration file

دستور mdrun

Verbose در گروماکس

توضیح خروجی الگوریتم EM

چگونه بفهمیم الگوریتم EM به درستی انجام شده است ؟

شرطهای خروج از الگوریتم EM

محاسبه انرژی

پسوندهای xvg

ابزار xmgrace

رسم نمودار

دلیل استفاده از Equilibration چیست ؟

موازنه Equilibration

چرا از position restrain استفاده می کنیم ؟

موازنه NVT (Number of particles, Volume , and Temperature)

مقدار زمان مورد نیاز برای موازنه NVT

مفهوم dt

کنترل خروجی output

کوپلینگ دما

کوپلینگ فشار

مفهوم random seed

چاپ خروجی –v

نمایش تاریخ اتمام اجرای الگوریتم NVT

دستور energy

رسم نمودار دما temperature

صحت عملیات موازنه NVT

موازنه NPT (Number of particles, Pressure , and Temperature)

پارامتر continuation

کوپلینک دما

کوپلینک فشار

فایل cpt

طریقه افزایش سرعت پردازش

رسم نمودار فشار pressure

رسم نمودار density

چرا نتایج حاصل از شبیه سازی و تئوری با هم، فرق زیادی ممکن است پیدا کنند؟

شبیه سازی MD

گزینه –deffnm

Trajectory analysis

دستور trjconv

فایل xtc

محاسبه RMSD

تنظیم واحد زمان در rms

رسم نمودار rmsd

آنالیز قطر gyration

دستور gyrate

 

پیش نمایش اول :

پیش نمایش دوم :

9 reviews for دانلود فیلم آموزش فارسی نرم افزار GROMACS

  1. samira foroutan

    فیلم آموزشی فارسی نرم افزار gromacs رو چجوری میتونم سفارش بدم؟

    • ایران متلب

      با سلام
      این نرم افزار هم اکنون قابل سفارش است.

  2. دکتر محمدی

    خواستم از بچه های ایران متلب تشکر کنم وافعا عالی و مفید بود

  3. سامان

    سلام
    بعضی سایت ها پروژه گرومکس را دارند به قیمت های خیلی بالا میفروشن. بدون هیچ گونه توضیحی و فیلم آموزشی . ولی شما یک فیلم آموزشی خوب با قیمت پایین در اختیار ما قرار دادید. که پروژه هم داخلش داره. واقعا ازتون تشکر می کنم

  4. بهادری

    عالی

  5. بنی جمالی

    با سلام
    من در انجام دومین پروژه توتوریال گرومکس که kalp-15 in dppc هست در قسمتی که فایل dppc128.gro رو به em.tpr تبدیل میکنیم به ارور unknow atom type ow برخورد میکنم
    خیلی راه هارو امتحان کردم منتها به نتیجه نرسیدم
    میشه به من در این زمینه کمک کنین

    • حسن اصغري

      با سلام و احترام خدمت شما
      شما لازم است یک نوع اتم معتبر (valid atom type) با میدان نیرو force field تعریف کنید. انگلیسی و فارسی قاطی شد همون انگلیسی می نویسم.

      The lipid.itp file was created to be used in conjunction with a Gromos
      parameter set (originally Gromos87, but can also be used with Gromos96) that
      takes care of protein and water atom types.

      شما باید فایل پسوند itp را یک بررسی کنید.

      این راهنما را مطالعه کنید . لینک راهنما

      این سوال و جواب هم مفید میتونه باشه .

      سوال و جواب 1

      سوال و جواب 2

  6. مهشید

    سلام ایا توتوریال های kalpو umbrellaهم توضیح دادین یا فقط لیزوزیم در اب هست؟

    • حسن اصغري

      سلام
      سعی شده است که آموزش خوب و مفیدی توضیح داده شود.

  7. ریحانه

    فایل دانلود
    fftw
    برای نرم افزار لینوکس رو ممکنه در اختیارم بگذارید .ممنون میشم

    • ایران متلب

      سلام
      می تونید از سایت های دانلود تهیه فرمایید.

  8. مینا دهبید

    چرا فقط تعریف از سایتتون را گذاشتیدواز دیروز من معطل فیلم شما بودم

    • ایران متلب

      سلام
      گاهی لینک های دانلود ارسال می شود و به پوشه spam می رود. لطفا این پوشه در ایمیل خود را هم چک کنید. اگر باز هم دریافت نکردید با پشتیبانی تماس بگیرید.

  9. زهرا

    سلام وقتتون بخیر
    ایا در این فیلم اموزشی نحوه ی کار با نرم افزار xmgrace و رسم زیبای نمودارها نیز موجود است؟

    • ایران متلب

      سلام
      خیر

دیدگاه خود را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

شناسه محصول: grmc20a دسته: برچسب: , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,