قیمت این سه فیلم آموزشی 300 هزارتومان می باشد که شما می توانید با تخفیف 30 درصدی این سه مجموعه فیلم آموزشی فارسی را به قیمت 210 هزارتومان دریافت کنید.

نوشته بسته آموزشی gromacs pymol ubuntu اولین بار در ایران متلب پدیدار شد.

این آموزش شامل بخش های زیر است :

ایجاد فایل mol با نرم افزار Marvin Sketch
ایجاد فایل mol برای docking
نصب autodock vina
Docking با Chimera vina
Docking با vina بدون پنجره
نصب autodocktools لینوکس Ubuntu
Docking منعطف با autodocktools vina
بارگذاری پروتئین در UCSF Chimera
آماده سازی برای dock
اضافه کردن بار
AM1-BCC
Gasteiger
لیگاند macrocyclic
Isomeric SMILES
Conformer
مینیمم سازی ساختار
انتخاب mode مد ماوس
انتخاب چندین اتم
انتخاب همه اتم ها
تنظیم torsion
چرخاندن اتم ها
چرخاندن معکوس اتم ها
بهینه سازی فضایی و هندسی
Chimera docking
AutoDock Vina
ایجاد توپولوژی لیگاند با swissparam
حدف اتم ها و پیوند ها
دستور pdb2gmx
دستور editconf
ترکیب لیگاند و گیرنده
فایل topol.top
دستور solvate
VMD
دستور grompp
دستور genion
بهینه سازی موقعیت اتم ها
دستور mdrun
شبیه سازی NVT
مشاهده نتایج در VMD و Chimera
موازنه NPT
دستور g_energy
نصب xmgrace
مشاهده نمودار فعل و انفعالات انرژی با پروتئین

نوشته آموزش فشرده نرم افزارهای شبیه سازی مولکولی اولین بار در ایران متلب پدیدار شد.

PyMOL یکی از چندین ابزار مشاهده مدل موجود در بیولوژی ساختاری می باشد که متن باز است. قسمت Py نام این نرم افزار اشاره به زبان پایتون python دارد. زیرا این نرم افزار با زبان برنامه نویسی پایتون نوده شده است.
PyMOL از کتابخانه OpenGL Extension Wrangler و FreeGLUT می تواند معادلات بولترمن-پایسون و FreeGLUT با حل کننده بولترمن پایسون وفقی حل کند.
PyMol از Tk ابزارهای GUI استفاده می کند. باینری های Aqua خنثی برای macOS از سایت Schrödinger قابل دریافت است.

پیشرو صنعت در نمایش سه بعدی مولکولی

تعداد بسیار زیادی از دانشمندان در سراسر دنیا نرم افزار PyMOL را برای مشاهده و تقسیم و آنالیز داده های مولکولی استفاده می کنند. این نرم افزار بسیار سبک و سریع می باشد و قابلیت ایجاد تصاویر با کیفیتی را دارا می باشد.

ایجاد تصاویر 3 بعدی و فیلم به سادگی

کارهای نمایش پیچیده که قبلا نیاز به دانش تخصصی داشت اکنون تنها با چند کلیک ماوس انجام می شود. کابران همچنین می توانند به سادگی فیلم هایی از فضای مولکولی ایجاد کنند و در عمق ساختار پروتئین حرکت کنند و انمیشین های جذاب و کاربردی ایجاد کنند.

سرفصل :

معرفی عنوان های فیلم آموزشی
منابع آموزشی نرم افزار PyMOL
دسترسی به source code
معرفی wiki pymol
معرفی گزینه های پنجره دستور نویسی
معرفی پنجره PyMOL Viewer
پسوند های پشتیبانی شده در PyMOL
انتخاب کردن و غیر فعال کردن
تغییر رنگ : C
دلیل استفاده از تمایز رنگ ها
برچسب زنی : labeling : L
مشخص کردن chain
مخفی کردن : Hide : H
گزینه Hide nonbonded
Hide every things
گزینه نمایش : Show
نمایش cartoon
گزینه عملیات : Action
وظیفه هر دکمه ماوس
کار دکمه چپ ماوس
کار دکمه وسط ماوس
کار دکمه سمت راست ماوس
چرخاندن مولکول
Translate مولکول
چرخاندن به هر طرفی با ماوس
گزینه Virtual track ball
مشخص کردن نقطه zoom
ناحیه نمایش وظایف هر دکمه ماوس و صفحه کلید
کار Shift و دکمه های ماوس
کار Ctrl و دکمه های ماوس
کار Ctrl+Shift و دکمه های ماوس
کار double click
انتخاب یک residue
انتخاب chain
انتخاب atom
انتخاب molecule
خارج کردن از انتخاب
تغییر مشخصه های یک selection
تغییر نام یک selection
پاک کردن selection
معرفی scene
ساخت scene
فعال کردن sequence viewer
انتخاب organic atoms
سوئیچ کردن بین scene
مشخص کرد نام برای scene
Action preset
Backbone rendering
Ligand site
Preset publication
Show surface
نمایش surface برای binding site
Selection با شرایط خاص
انتخاب اتم های با قطر بیشتر از 20 انگستروم
تغییر رنگ بر اساس secondary structure
گرینه helix sheet loop
تغییر رنگ binding site
تغییر رنگ surface
تغییر شفافیت transparency مولکول
Pymol session file
ذخیره کردن به صورت تصویر
استفاده در مقالات یا ارائه PowerPoint
ذخیره با پسوند png
افزایش کیفیت تصویر
تغییر اندازه نمایش ساختار
کدنویسی در PyMOL
آوردن راهنمای یک دستور
دستور ray
ذخیره تصویر با کدنویسی
دستور png
تغییر رنگ back ground
تغییر شفافیت background
تغییر gradient پشت صفحه
کار با تنظیمات setting کلی pymol
گزینه filter
توضیح هر گزینه setting
دستور set
قرار دادن یک تصویر دلخواه به عنوان background
تنظیم سایه shadow
حذف سایه
تغییر جهت تابش نور
تغییر mode ماوس
ساخت تصویر دینامیک
حذف گزینه های کنترلی در تصویر دینامیک
ساخت انیمشین یا movie فیلم
Scene loop
ذخیره فیلم
مشخص کردن کیفیت فیلم
گزینه Ray Trace Frame
ساخت فیلم اتوماتیک
ساخت فیلم به طور دستی
مشخص کردن طول فیلم
گزینه store with scene
نصب plugin
دستور fetch
گزینه PDB Load service
گزینه align
نمودار morph
State loop
فایلهای dynamic trajectory
دستور load_traj
دستور intra_fit
دستور smooth
ابزارهای اندازه گیری measurement

تصاویری از این نرم افزار :

پیش نمایش 1 :

پیش نمایش 2 :

پیش نمایش 3 :

نوشته آموزش فارسی PyMOL اولین بار در ایران متلب پدیدار شد.

سیستم های تغلیظ شده فاز در اصل دینامیک هستند، لذا آنالیز حرکت های آنها در سطح مولکولی و اتمی برای فهم خصوصیات physicochemical بسیار مهم هستند.

در طول چند دهه، علاقه بسیار زیادی در مدلسازی سیستم های مختلف دینامیکی در علم زندگی و علم مواد وجود داشته است. این سیستم ها شامل مجتمع پروتئین لیگاند و مولکول های کوچک در حلالهای ترکیبی و مواد جامد ارگانیک و مجتمع ماکرومولکولی مصنوعی می باشند.

دینامیک مولکولی (MD) به عنوان یک ابزار محاسباتی پایه برای استخراج رویدادهای پویا از دید عملی در همه کاربردها شناخته می شود.

اخیرا روشهای استاتیک ساختار مبنا، مانند docking و نمایش مجازی ، در کشف دارو بسیار مهم شده اند. دینامیک مولکولی هنگامی که با ابزارهای محاسباتی دیگر کوپل شود ، باعث می شود بسیاری از مشکلات کشف داروهای جدید برطرف شود.

آماده سازی غشای پروتئین برای شبیه سازی MD
آماده سازی پروتئین برای شبیه سازی MD
نمایش مسیر حرکت MD و ایجاد یک فیلم
آنالیز مسیر حرکت MD با دیاگرام شبیه سازی تعاملی
بارگذاری داده
PL-RMSD
P-RMSF
L-RMSF
PL-Contacts
LP-Contacts
L-Torsions
تولید گزارش

پیش نمایش 1 :

پیش نمایش 2 :

نوشته آموزش فارسی Desmond اولین بار در ایران متلب پدیدار شد.

در نسخه جدیدعملیات مورد نظر کاربر را پیش بینی کرده و کارهای عمومی ساده سازی شده و داه ها در یک مد هوشمند سازماندهی شده اند.

Maestro تعداد بسیار زیادی از فرمت های فایل عمومی را به عنوان ورودی پشتیبانی می کند. همچنین کاربر می تواند با ابزارهای این نرم افزار هر نوع مدل مولکولی ساختاری را بسازد.

Maestro به کاربر توانایی تغییر دستی گزینه ها را متناسب با کاربردهای مختلف (سیستم های بیومولکولی تا مواد پیچیده) می دهد.

Maestro به کاربر این توانایی را می دهد که سیستم های مولکولی پیچیده را به صورت سه بعدی نمایش دهد.

Maestro شامل ابزارهای اندازه گیری متنوعی است که به کاربر این قابلیت را می دهد تا ویژگیهای ساختاری مولکول را با دقت بالایی تعیین کند. ابزارهای Superimposition مقایسه بین ساختارها را هم ممکن می سازد.

Maestro همچنین به کاربر امکان کدنویسی را هم می دهد. زبان برنامه نویسی که پشتیبانی می کند ، زبان پایتون استاندارد-صنعتی می باشد.

خصوصیات محاسبه شده مانند مدهای لغزشی، اوربیتال مولکولی یا دانسیته الکترون را به سادگی میتوان در Maestro نمایش داد.

Maestro در لینوکس و ویندوز و مکینتاش اجرا می شود.

پیش نمایش 1

لینک دانلود پیش نمایش 1 (کیفیت اصلی)

پیش نمایش 2

لینک دانلود پیش نمایش 2 (کیفیت اصلی)

پیش نمایش 3

لینک دانلود پیش نمایش 3 (کیفیت اصلی)

پیش نمایش 4

لینک دانلود پیش نمایش 3 (کیفیت اصلی)

نوشته آموزش فارسی Maestro اولین بار در ایران متلب پدیدار شد.

سرفصل :

بارگذاری پروتئین در UCSF Chimera
آماده سازی برای dock
اضافه کردن بار
AM1-BCC
Gasteiger
لیگاند macrocyclic
Isomeric SMILES
Conformer
مینیمم سازی ساختار
انتخاب mode مد ماوس
انتخاب چندین اتم
انتخاب همه اتم ها
تنظیم torsion
چرخاندن اتم ها
چرخاندن معکوس اتم ها
بهینه سازی فضایی و هندسی
Chimera docking
AutoDock Vina

نوشته آموزش docking دستی با Chimera اولین بار در ایران متلب پدیدار شد.

نوشته آموزش نرم افزارهای Marvin Sketch autodock vina اولین بار در ایران متلب پدیدار شد.

در ابتدا این نرم افزار برای مولکولهای بیوشیمی مانند پروتیین و لیپید و اسید nucleic که دارای تعداد زیادی پیوندهای پیچیده می باشند، طراحی شد اما از آنجایی که GROMACS در محاسبات بسیار سریع می باشد، تعدادی از دانشگاه ها از آن در تحقیقات سیستم های غیر بیولوژیکی مانند پلیمر هم استفاده کردند.

GROMACS تمامی الگوریتم های مرسوم که شما از یک شبیه ساز دینامیک مولکولی مدرن توقع داشته باشید، را پشتیبانی می کند.

GROMACS دارای راندمان بسیار بالاتری در مقایسه با نرم افزارهای مشابه می باشد. شما در این نرم افزار به الگوریتم های بهینه سازی زیادی دسترسی دارید.

در نسخه های بالاتر از 4.6 ، تمامی پلت فرم های محاسباتی و زیر تابع ها به زبان C نوشته شده است. که باعث افزایش سرعت محاسبات در این نرم افزار شده است.

سرفصل :

معرفی کوتاه gromacs

اماده سازی توپولوژی

دانلود پروتیین

نمایش پروتئین

نمایش cartoon

نمایش اتم ها

حذف مولکولهای آب

دستور vi

دستور gmx

دستور pdb2gmx

معرفی گروماکس در ترمینال لینوکس

فایل های gro

انتخاب force field

تولید توپولوژی در گرومکس

توضیح محتوی فایل های توپولوژی

توضیح فایل posre.itp

توضیح فایل topol.itp

Position restraints

فیلد moleculetype

فیلد atoms

فیلد molecule

توضیح روش OPLS

دیاگرام OPLS

Bond strength

Torque angle

Angle binding

تعریف box

تنظیم فاصله در box

تنظیم نوع box

دستور editconf

اضافه کردن حلال

دستور solvate

گزینه cp

گزینه cs

تفاوت فایلهای توپولوژی جدید و قبلی

چگونگی صحت سنجی دستور solvate

اضافه کردن یون

دلیل اضافه کردن یون چیست ؟

تفسیر ستونهای charge و charge

دستور grompp

فایل .tpr

توضیح فایل .mdp

پارامترهای الگوریتم مینیمم سازی انرژی

Maximum number of steps

Steepest descent minimization

Short range electrostatic cut-off

Short range Van der Waals cut-off

شرایط مرزی متناوب (pbc)

تولید tpr

دستور genion

گزینه –pname

گزینه –nname

گزینه –nn

خنثی سازی

انتخاب گروه حلال

بررسی صحت اجرای genion

توصیف steric clash

دلیل استفاده از EM

Configuration file

دستور mdrun

Verbose در گروماکس

توضیح خروجی الگوریتم EM

چگونه بفهمیم الگوریتم EM به درستی انجام شده است ؟

شرطهای خروج از الگوریتم EM

محاسبه انرژی

پسوندهای xvg

ابزار xmgrace

رسم نمودار

دلیل استفاده از Equilibration چیست ؟

موازنه Equilibration

چرا از position restrain استفاده می کنیم ؟

موازنه NVT (Number of particles, Volume , and Temperature)

مقدار زمان مورد نیاز برای موازنه NVT

مفهوم dt

کنترل خروجی output

کوپلینگ دما

کوپلینگ فشار

مفهوم random seed

چاپ خروجی –v

نمایش تاریخ اتمام اجرای الگوریتم NVT

دستور energy

رسم نمودار دما temperature

صحت عملیات موازنه NVT

موازنه NPT (Number of particles, Pressure , and Temperature)

پارامتر continuation

کوپلینک دما

کوپلینک فشار

فایل cpt

طریقه افزایش سرعت پردازش

رسم نمودار فشار pressure

رسم نمودار density

چرا نتایج حاصل از شبیه سازی و تئوری با هم، فرق زیادی ممکن است پیدا کنند؟

شبیه سازی MD

گزینه –deffnm

Trajectory analysis

دستور trjconv

فایل xtc

محاسبه RMSD

تنظیم واحد زمان در rms

رسم نمودار rmsd

آنالیز قطر gyration

دستور gyrate

پیش نمایش اول :

پیش نمایش دوم :

نوشته دانلود فیلم آموزش فارسی نرم افزار GROMACS اولین بار در ایران متلب پدیدار شد.