در ابتدا این نرم افزار برای مولکولهای بیوشیمی مانند پروتیین و لیپید و اسید nucleic که دارای تعداد زیادی پیوندهای پیچیده می باشند، طراحی شد اما از آنجایی که GROMACS در محاسبات بسیار سریع می باشد، تعدادی از دانشگاه ها از آن در تحقیقات سیستم های غیر بیولوژیکی مانند پلیمر هم استفاده کردند.

GROMACS تمامی الگوریتم های مرسوم که شما از یک شبیه ساز دینامیک مولکولی مدرن توقع داشته باشید، را پشتیبانی می کند.

GROMACS دارای راندمان بسیار بالاتری در مقایسه با نرم افزارهای مشابه می باشد. شما در این نرم افزار به الگوریتم های بهینه سازی زیادی دسترسی دارید.

در نسخه های بالاتر از 4.6 ، تمامی پلت فرم های محاسباتی و زیر تابع ها به زبان C نوشته شده است. که باعث افزایش سرعت محاسبات در این نرم افزار شده است.

سرفصل :

معرفی کوتاه gromacs

اماده سازی توپولوژی

دانلود پروتیین

نمایش پروتئین

نمایش cartoon

نمایش اتم ها

حذف مولکولهای آب

دستور vi

دستور gmx

دستور pdb2gmx

معرفی گروماکس در ترمینال لینوکس

فایل های gro

انتخاب force field

تولید توپولوژی در گرومکس

توضیح محتوی فایل های توپولوژی

توضیح فایل posre.itp

توضیح فایل topol.itp

Position restraints

فیلد moleculetype

فیلد atoms

فیلد molecule

توضیح روش OPLS

دیاگرام OPLS

Bond strength

Torque angle

Angle binding

تعریف box

تنظیم فاصله در box

تنظیم نوع box

دستور editconf

اضافه کردن حلال

دستور solvate

گزینه cp

گزینه cs

تفاوت فایلهای توپولوژی جدید و قبلی

چگونگی صحت سنجی دستور solvate

اضافه کردن یون

دلیل اضافه کردن یون چیست ؟

تفسیر ستونهای charge و charge

دستور grompp

فایل .tpr

توضیح فایل .mdp

پارامترهای الگوریتم مینیمم سازی انرژی

Maximum number of steps

Steepest descent minimization

Short range electrostatic cut-off

Short range Van der Waals cut-off

شرایط مرزی متناوب (pbc)

تولید tpr

دستور genion

گزینه –pname

گزینه –nname

گزینه –nn

خنثی سازی

انتخاب گروه حلال

بررسی صحت اجرای genion

توصیف steric clash

دلیل استفاده از EM

Configuration file

دستور mdrun

Verbose در گروماکس

توضیح خروجی الگوریتم EM

چگونه بفهمیم الگوریتم EM به درستی انجام شده است ؟

شرطهای خروج از الگوریتم EM

محاسبه انرژی

پسوندهای xvg

ابزار xmgrace

رسم نمودار

دلیل استفاده از Equilibration چیست ؟

موازنه Equilibration

چرا از position restrain استفاده می کنیم ؟

موازنه NVT (Number of particles, Volume , and Temperature)

مقدار زمان مورد نیاز برای موازنه NVT

مفهوم dt

کنترل خروجی output

کوپلینگ دما

کوپلینگ فشار

مفهوم random seed

چاپ خروجی –v

نمایش تاریخ اتمام اجرای الگوریتم NVT

دستور energy

رسم نمودار دما temperature

صحت عملیات موازنه NVT

موازنه NPT (Number of particles, Pressure , and Temperature)

پارامتر continuation

کوپلینک دما

کوپلینک فشار

فایل cpt

طریقه افزایش سرعت پردازش

رسم نمودار فشار pressure

رسم نمودار density

چرا نتایج حاصل از شبیه سازی و تئوری با هم، فرق زیادی ممکن است پیدا کنند؟

شبیه سازی MD

گزینه –deffnm

Trajectory analysis

دستور trjconv

فایل xtc

محاسبه RMSD

تنظیم واحد زمان در rms

رسم نمودار rmsd

آنالیز قطر gyration

دستور gyrate

پیش نمایش اول :

پیش نمایش دوم :

نوشته دانلود فیلم آموزش فارسی نرم افزار GROMACS اولین بار در ایران متلب پدیدار شد.