آموزش فشرده نرم افزارهای شبیه سازی مولکولی

توضیحات

آموزش اصلی گروماکس را می توانید در این لینک ببینید. شما باید حتما آموزش اصلی گروماکس را یاد بگیرید و سپس می توانید آموزش فشرده نرم افزارهای شبیه سازی مولکولی را ببینید.

این آموزش شامل بخش های زیر است :

ایجاد فایل mol با نرم افزار Marvin Sketch
ایجاد فایل mol برای docking
نصب autodock vina
Docking با Chimera vina
Docking با vina بدون پنجره
نصب autodocktools لینوکس Ubuntu
Docking منعطف با autodocktools vina
بارگذاری پروتئین در UCSF Chimera
آماده سازی برای dock
اضافه کردن بار
AM1-BCC
Gasteiger
لیگاند macrocyclic
Isomeric SMILES
Conformer
مینیمم سازی ساختار
انتخاب mode مد ماوس
انتخاب چندین اتم
انتخاب همه اتم ها
تنظیم torsion
چرخاندن اتم ها
چرخاندن معکوس اتم ها
بهینه سازی فضایی و هندسی
Chimera docking
AutoDock Vina
ایجاد توپولوژی لیگاند با swissparam
حدف اتم ها و پیوند ها
دستور pdb2gmx
دستور editconf
ترکیب لیگاند و گیرنده
فایل topol.top
دستور solvate
VMD
دستور grompp
دستور genion
بهینه سازی موقعیت اتم ها
دستور mdrun
شبیه سازی NVT
مشاهده نتایج در VMD و Chimera
موازنه NPT
دستور g_energy
نصب xmgrace
مشاهده نمودار فعل و انفعالات انرژی با پروتئین